主人公以新生的身份来到了深山中一所耸立着巨大钟塔楼的全寄宿制学院。 但是在他第一次上学的那天就因为破坏了学院入口处看起来很贵的雕像而被卷入到麻烦中。 在被学园长所下达的,以劳动代替赔偿的指示下,主人公与造成麻烦的另一个男生一起被分配到了“特殊事件调查分室”。 等到他们来到这座巨大的图书馆内部的分室部门时,却发现那里有一个神情冷漠的少女在等待他们 在不知所以的情况下,两人被告少女告知: 在这个学院里,真的存在魔术—— 伴随着钟塔的钟声响起,学院里就会出现“夜的世界”,与校舍融为一体。 而分室的工作,就是去解决在学校里发生的所有魔术性的问题。 就这样,主人公等人在被各种各样的“遗品”的捉弄下在校园奔波。
学校所拥有着的秘密、在黄昏时刻交替的两个世界。 ……你们并不会对此产生好奇的吗?他们究竟是从何而来,究竟会向何而去? 夜与昼的境界线究竟会在什么时候——开始交替? 位于在深山的全寄宿制学校『天秤瑠璃学园』。 这个耸立着巨大钟塔的地方,可不仅仅是一间普通的学校—— 主人公满琉作为转校生来到这个学校以后,就背负起"特殊事件调查分室",俗称“特查”的任务。 他与特查的同伴忧绪等人一起,每天都在解决在这间不可思议的学校里所发生的各种麻烦事。 突然有一天,学校里出现了料想之外的来访者。 为了探寻祖母的纪念品,从遥远的他国来访的少女、爱蒂尔海特。 这位看来并非好应付的客人,被推给了身为特查的众人。 「好啊。就让我来看看诸位的能力吧」 在爱蒂尔海特寻物的时光中,至今为止理所当然地流逝的所有时间全都开始流动了。 这就是——学校所抱着的秘密、在黄昏时刻交替的两个世界。 他们究竟是从何而来,究竟会向何而去? 而夜与昼的境界线究竟会在什么时候——开始交替? 为了新的谜题与秘密,主人公一行再次开始四处奔波!